Κατά την ύστερη αρχαιότητα τεκμηριώνεται η σταδιακή εγκατάλειψη και διάλυση των ελληνιστικών οχυρώσεων, που μετατράπηκαν σε πραγματικούς χώρους λατόμευσης οικοδομικού υλικού για την κατασκευή των βυζαντινών και ιπποτικών τειχών και λοιπών κτισμάτων. Στο μόλο των Μύλων διαπιστώθηκε η χρήση του ως ανοχύρωτη πλατφόρμα –αποβάθρα από την τους παλαιοχριστιανικούς μέχρι τους υστεροβυζαντινούς χρόνους, όποτε στα μέσα του 13ου αι. χρονολογείται η κατασκευή των ανεμόμυλων πάνω στη βραχώδη προστασία της ακτής στην ανατολική πλευρά του μόλου. Η σταδιακή επέκταση της τειχισμένης ιπποτικής πόλης στα ανατολικά κατά το πρώτο μισό του 15ου αι., αφού ξεπεράστηκε η αρχική αβεβαιότητα για την κατοίκηση της Άνω Οβριακής συνοικίας, είχε ως αποτέλεσμα να εξαφανισθεί οριστικά το νοτιότερο τμήμα του μόλου καθώς περιελήφθη στο οικιστικό τμήμα της πόλης .Στον εσωτερικό χώρο του μεσαιωνικού μόλου οδηγούσε πλέον η «πύλη του μόλου» ,γνωστή σήμερα ως πύλη της Αγίας Αικατερίνης η ύπαρξη της οποίας τεκμηριώνεται ήδη το 1391.